花蓮辦公室A棟1樓
服務台、洽談區、移送機關派駐人員辦公區(花蓮縣地方稅務局、中央健康保險署東區業務組、勞工保險局花蓮辦事處、北區國稅局花蓮分局)、收發室、繳款室、哺集乳室、檔案應用閱覽處、詢問室、執行股辦公室(廉股、和股、平股、忠股、義股)、拍賣室。

花蓮辦公室A棟2樓
秘書室、人事室、統計室、會計室、分案室、案件作業室、會議室

花蓮辦公室B棟1樓
執行股(禮股、信股、仁股)、傳繳室、檔案室

花蓮辦公室B棟2樓
分署長室、行政執行官室、行政執行官助理辦公室、接待室、傳達室

花蓮辦公室C棟1樓
執行股(孝股)

臺東辦公室一樓
本分署(派駐人員、助理)、移送機關派駐人員(臺東縣地方稅務局、中央健保局東區業務組、財政部南區國稅局臺東分局)