花蓮辦公室A棟1樓

執行科(義股、廉股、忠股、孝股、和股、平股)、檔案室、繳款處、服務台、移案機關代理人辦公處(花蓮縣地方稅務局、中央健康保險署東區業務組、勞工保險局、財政部北區國稅局花蓮分局)

花蓮辦公室A棟2樓

人事室、統計室、會議室、分案室、行政人員工作區、秘書室主任辦公室、秘書室辦公室、分案室、資訊機房

花蓮辦公室B棟1樓

執行科(禮股、仁股、信股)、檔案室、傳繳室

花蓮辦公室B棟2樓

分署長室、行政執行官室、行政執行官助理辦公室、傳達室

臺東辦公室一樓

本分署(派駐人員、助理)、移送機關派駐人員(臺東縣地方稅務局、中央健保局東區業務組、財政部南區國稅局臺東分局)