由於花蓮縣轄區幅員狹長，南來北往交通不便，本分署為提升服務品質，落實下鄉服務政策，特與財政部北區國稅局玉里稽徵所合作，自民國102年起，假玉里稽徵所1樓設置「花蓮縣南區巡迴便民服務站」（地址：花蓮縣玉里鎮光復路52號），每月巡迴1次服務花蓮縣南區民眾洽辦行政執行業務，減少民眾舟車勞頓洽公之不便。主要服務對象為居住於「玉里鎮」、「瑞穗鄉」、「卓溪鄉」與「富里鄉」等花蓮縣南部地區民眾，主要服務項目則包括：案款繳納、詢問筆錄製作、案件疑義諮詢、各項文書受理、辦理分期手續等。每月服務日期請另參考本分署官網網站或臉書粉絲專頁，或來電洽詢(03-8348516)。

本分署為了提供臺東鄉親更便利的稅務與行政執行業務服務，已加入財政部南區國稅局臺東分局所建置的「推廣遠距視訊服務申請稅務資料執行計畫」，臺東鄉親可以就近在臺東縣各鄉鎮公所、地政事務所及臺東縣稅務局等機關，透過社群軟體遠距視訊功能，申請財產所得資料、國稅各項書表、欠稅行政執行案件查詢及申請分期繳納等等，而不須要親自跑到國稅局臺東分局或花蓮分署辦理。另外，花蓮分署也透過社群軟體與蘭嶼鄉公所建立遠距視訊服務管道，提供行政執行案件尚欠金額查詢、分期繳納申請及協助老舊機車切結報廢申請等等，歡迎民眾多加利用。